《龍的牙醫》是一部動畫反戰電影，主題是以一個有龍存在的世界，某個與龍簽約的國家，在戰爭中看似擁有全面性的優勢，卻因為少數龍牙醫的背叛，而造成大量人口死亡的悲慘故事。和其他動畫反戰電影所不同的是，《龍的牙醫》呈現了一個稍微有點希望的世界，透過主角的努力，最終讓世界恢復了平靜。
這部《龍的牙醫》當初並非在電影院上映，而是在電視上分成前後兩集來播送，受限於電視節目的時間長度，故事就被分成兩部分。前半段主要講的是龍的牙醫一族的生活；後半段則是以背叛，來展開戰爭與追逐，以及命運與反抗的劇情。
劇情簡介
故事從一個古老的傳說開始，傳說有個有龍棲息的國家，龍與國家簽訂了契約。故事前提簡單說明後，故事場景轉到了海戰，其實劇情中一直都沒有提到參戰的國家到底是哪些，但為了讓後續故事說明更加簡潔，以下內容小編就把金髮碧眼的參戰方當作美國，而黑髮黃皮膚的則是日本，背景大概就是二戰中的太平洋戰爭。
美軍在太平洋上巡航時，遭遇敵方艦隊展開攻擊，瞬間有許多船隻被擊沉。遠在視距之外的敵軍，是如何能夠攻擊到美方船艦的呢？艦長嘗試下令對高空進行炮擊，才發現原來攻擊是來自於空中的龍。此時整個美方艦隊已經沉沒。
原來與龍簽約的國家就是日本，這個故事裡的龍的形象與我們印象中的東方龍或西方龍都有所不同。龍身非常巨大，有六隻手臂、超長的尾巴、以及看起來就很有威嚴的頭部。龍背上有類似軍艦的艦橋塔建築構造，是軍方的設施，龍腹部則有龍的牙醫一族的簡易聚落，房舍都是懸掛在龍身上的。龍口中的牙齒有兩到三排，牙齒並不銳利。
而故事的主角龍牙醫們，是一群生活在龍身上的民族，服飾帶有日本神官或女巫的風格。龍牙醫一族的日常生活就是要負責清洗龍牙，以及消滅隨時可能出現的蛀牙蟲，因為龍牙一但被蛀了，龍的力量就會消失。龍不吃東西，那又怎麼會蛀牙呢？其實每一次的戰爭，龍都會把這些死亡的人吞噬掉，吞噬到龍牙裡，而蛀牙蟲似乎就是從龍牙裡冒出來的。
某次清洗蛀牙的時候，野乃子（女主角，目前最年輕的龍牙醫）發現有個金髮碧眼的人快要被蛀牙蟲拉進龍牙中，為此，野乃子驅趕了這些蟲，救了這個人。但在龍牙上救人其實不是好事，據其他龍牙醫所說，這個在龍牙上發現的人，其實是已經死了的「黃泉歸來之人」，是由龍所挑選而死而復生的復活者。黃泉歸來之人的出現是不祥之兆，當初應該要讓蛀牙蟲把他帶回龍牙中的。
但救都已經救了，又不可能讓他回去，於是指派野乃子負責照顧，野乃子也決定要將這個黃泉歸來之人訓練成龍的牙醫。黃泉歸來之人名叫貝爾（男主角），是敵對國的軍官，由於外表相當年輕，被認為是因為家族後台很硬而快速升官的高階官員，感覺就是個公子哥，上了戰場應該也無法保護自己。
龍上出現敵國軍官的事情，很快就傳到了龍背上的日本軍官耳裡，軍方要求龍牙醫交出敵方軍官，希望能得到有價值的情報，但這個要求很快就被悟堂（龍牙醫的教官，地位較高）以及其他元老以「軍方無權過問龍牙醫的事務」為由而拒絕了。
龍牙醫的工作並不容易，每天龍牙都會有無數的蛀牙蟲跑出來，有的很安全、但也有些蛀牙蟲相當危險，甚至會要人命。而龍的牙醫一族，必須要使用各種方式來預防蛀牙，包括一班的清潔工作，和利用有魔力的武器道具來消滅蛀牙蟲。
果然復活者的出現代表的不祥，已經 12 年沒有出現過的超強蛀牙蟲「天狗蟲」突然出現，這是一隻會殺人的蛀牙蟲，12 年前出現時，殺死了大多數的牙醫，當時只有少數人活了下來，柴名姊是其中一個，而當時柴名的未婚夫也死於這場災難。
天狗蟲可以自由穿梭在龍牙中，可以瞬間移動，也會飛行，由於速度很快，情況相當危急，直到修三被吞，讓劇毒的「不需要牙醫」毒死為止。修三的死，提醒了作為龍的牙醫的人的命運。
原來要當個龍的牙醫，是需要經過龍的認可的。每個進入龍牙後的人，需要坦然接受自己的命運，會看到自己的死亡，只有能坦然接受這個命運的人，才有資格成為龍的牙醫。所以休三在死前看到的幻影，正式當初所面對的死亡命運。
這個命運也開啟了故事的後半章，天狗蟲 12 年前第一次出現時，龍的牙醫們死亡大半，其中活下來的柴名，一直都對作為一個龍牙醫的生活感到不滿，她不滿為何人們要接受這樣的命運，明知要死，卻毫無抵抗。這個問題，貝爾也同感道：「知道自己會死還不避開，那不就是自殺嗎？」而野乃子則疑惑地反問：「活著的目的是為了能活得更久一點嗎？」
對於這一次天狗蟲的出現，讓悟堂開始懷疑。結果果然發現這次的事件完全是人為的：主謀就是柴名姐。她在 12 年前事件後，偷偷保留了一部分的龍牙，也藏了一個天狗蟲的卵，讓天狗蟲逐漸孵化，希望能夠扭轉「命運」。而眼看事情走漏，柴名也不打算繼續隱瞞，讓天狗蟲與自己結合，成為半人半蟲的型態，並摧毀了龍牙的牙齦，使龍牙墜入地面。
為了保護龍牙，野乃子與貝爾也跟著墜入地面，幸好龍牙並不會碰到土地，反救了這兩人一命。而龍牙墜入地面的消息，很顯然是有計畫的，老早就有敵軍在此地埋伏，因此野乃子與貝爾很快就被包圍。
這時故事開始講到貝爾的死因。原來貝爾確實是一名少爺兵，透過家裡的權勢，讓貝爾年紀輕輕就當上高階軍官，這也讓許多底下的士兵不服從他的命令，甚至直接讓底下人奪去了他的性命。這次，又是另一個命運中的狹路相逢，貝爾復活，重新與這些害死他的人面對面。
沒有過多久的寒暄，日軍也隨後追上來，並對敵軍展開攻勢，把野乃子和貝爾帶走，並保護起來。由於龍的牙醫地位特殊，日軍也不敢怠慢，盡心盡力找到當地人家來接待，並準備了熱食。野乃子察覺到這個當地人家其實不富裕，於是邀請了看起來就很餓的小孩子一起用餐，但當地人也不敢冒犯，怎麼樣也不敢。
此時，龍因為失去了龍牙，能力變得很弱，因此龍在戰場上完全無法發揮戰力，使得大戰的戰場上，日軍一面倒的被敵軍的砲台轟炸，這時的場景，與野乃子命運中的死亡非常相似。而要歸還龍牙的野乃子等人，在飛機被敵方狹持後，只能躲在機艙外伺機而動。
在飛機進入龍的防護罩範圍內時，敵軍開始展開攻擊，與日軍駐龍背的隊伍展開攻防，在柴名的協助下，敵軍長驅直入，進入神社內屠殺了巫師們。而柴名則透過天狗蟲的能力，進入龍牙中，試圖救回黃泉中的未婚夫，但死者是無論如何都不可能被救活的，柴名的絕望還引發了龍牙的失控，龍牙中冒出的不明組織體，開始屠殺戰場上每一個有殺意的人，無分敵我。
故事進到尾聲，敵軍終於發現了日本與龍簽訂契約的真相，原來日本一直都綁架了一個龍牙，所以龍才聽命於日軍。知道這件事的不死的布蘭克就決定要將龍牙帶回去，試圖控制龍。
不過事情沒有那麼容易，不死的布蘭克的陰謀，被黃泉歸來的貝爾用生命阻止了更多的悲劇發生。最終，野乃子沒有如命運中所看到的那樣，活了下來，暗示命運最終還是被改變了。
簡評
《龍的牙醫》的作畫品質相當具有藝術性。結合了繪本般的畫風、以及動漫常用的動畫風格，融合成一部帶有奇幻色彩卻又很寫實的電影。這其實也是庵野秀明在 EVA 中常用的手法，使《龍的牙醫》整體的風格也與 EVA 有種難以言喻的相似性。
與其他反戰電影相同的是，龍的牙醫讓電影後段場景中不斷出現大量的死亡，以強大的視覺衝擊，重新提醒人們死亡的殘酷現實。但不同的是，龍的牙醫在整體的編排上，透過野乃子的可愛形象，反倒更引人入勝。
比較起來，吉卜力的反戰動畫總是讓人感受到不舒服，例如：《螢火蟲之墓》的畫面配色非常暗，加上兄妹兩人的瘦弱的病態形象，會讓人感受到噁心與不適；《風之谷》呈現的末日後世界，劇毒的腐海淨化人類戰爭的化學毒物，所有人都需要戴著防毒面具的世界，讓人也喘不過氣。其中巨大的超級兵器，與本作的龍有相當程度的相似性。另外，《天空之城》則展現了人類掌握終極武器的醜陋相貌，與控制了龍、或希望控制龍的雙方，都有高度的相似。
在這部反戰電影中，觀眾很自然會將主觀立場帶入到野乃子與日軍這一側，但是故事一直在暗示我們，參戰的雙方其實並無不同，兩方都同樣的殘酷。因此又可以將故事與二戰直接做結合，一方面提醒我們戰爭的殘酷，另一方面也提醒我們日軍與美軍在戰爭中，事實上都犯下了大錯，沒有誰比誰更崇高的問題。
我們所生活的這個看似和平的世界，其實一直都有著不斷的戰爭，距離全面的世界大戰其實也一直都只差一步。
在故事中，龍是一種隱喻，隱喻人類所無法控制的強大力量（例如核武器、或未來可能出現的超級兵器），而龍牙中衍生出來的蛀牙蟲，則是強大力量所產生的罪惡。故事中一直提到：「龍是用牙齒哭泣的」，其實哭泣的並不是龍，而是龍牙中被吸進去的戰死的靈魂。而從這裡就可以展開另一個推理，其實從龍牙中回來的龍的牙醫，應該也是已經死亡的人。他們將命運交給了龍，龍也將命運交給他們。於是，雖然貝爾沒有通過成為龍的牙醫的考驗，卻也具有置生死於度外的龍的牙醫的氣度。
或許，一切都看在眼裡的龍，本來就一心求死了。否則勇於抗拒命運的柴名，如何能通過龍的考驗呢？在故事設定中，只有接受了死亡命運的人才能成為龍的牙醫，反抗命運的人是無法被龍認同的。因此，柴名的背叛，應該正是龍默許的。龍早已經厭倦了戰爭，一口氣把所有帶有殺意的人消除掉，說不定正是龍的目的。
如同其他超級英雄電影中經常出現的課題：力量越是強大，你就越不自由，說不定強大的背後，這些超級英雄只想過著市井小民的平凡生活。
在故事的後段，龍敵我不分的展開屠殺，表現出龍其實不是受制於任一方的兵器，而是死神，最終殺掉了所有帶有殺意的人。這一段故事讓人不禁聯想到《最終兵器少女》中的設定，所謂的最終兵器，不是殺掉敵人而已，反而是清除戰場的死神，讓戰場上的敵我雙方全都毀於一旦，解放了禁錮於殘酷戰場中的靈魂。
整個故事時序的最後，應該是發生於颱風天的客機上。故事作者在電腦上寫龍的故事時，在飛機窗外看見了龍，這時的龍已經不屬於任何勢力，是獨立的存在。龍隨心所欲的，一口吞掉了颱風，證實了龍的實力仍然無窮無盡。試問：有哪個國家會願意放棄這樣無窮無盡的力量呢？恐怕也暗示了那場戰爭的結局，與二戰相同的是日方最終還是戰敗了，在戰後世界秩序重組的情況下，美軍也不好意思自私的控制龍，使得龍被和平化，並且產生了相對和平的現代社會。
《龍的牙醫》相當精彩，呈現了一個既現實又虛幻的世界，或許，在某個有龍存在的世界線中，人類的自私與二戰的命運與結局依然沒有被改變。